Juan José López-Ibor Alcocer ha sido asesor de varias compañías en el sector de la sanidad, a través de la consultora Global Health. En concreto, ha sido director general y del Consejo de Soluziona e Indra, desarrollando la estrategia Sanidad 2.0; asesor externo de Informática El Corte Inglés y El Corte Inglés, participando en la creación de la UTE OHL Ingesan, Ribera Salud y El Corte Inglés, para el desarrollo de hospitales en la Comunidad de Madrid; director de proyecto para el desarrollo de Unidades de Rehabilitación Cardiaca, concedido por el CDTI, con un valor de 3 M€. También como miembro del Consorcio, integrado por tres empresas, el Hospital Público Gregorio Marañón y la Universidad Complutense de Madrid; asimismo, ha desarrollado la Historia Clínica Psiquiátrica con la empresa Q-Salus, que se implanta a nivel nacional e internacional.
En cuanto a su experiencia en el sector de la Salud Mental, López-Ibor Alcocer entraba la Clínica López-Ibor como miembro del Consejo de Administración en 2005, hasta su venta a la multinacional francesa Orpea (ahora Emeis), en septiembre de 2017, ya como Presidente del Consejo de la Clínica (valor de la transacción 20 M€).
Juan José ha desarrollado y gestionado la más importante y conocida clínica privada psiquiátrica en España y un referente a nivel internacional, implantando un modelo de gestión, sistemas de información, calidad y atención a los pacientes que ha sido una referencia para otros operadores. Esto lo hizo junto con el Profesor Juan José López-Ibor y la Profesora María Inés López-Ibor. Desarrolló en la clínica la primera unidad de psicogeriatría en un hospital de salud mental, acreditándola por primera vez por Sanidad y Asuntos Sociales, que después derivo en el modelo de residencias de salud mental que muchos operadores han desarrollado como Orpea o Grupo 5 perteneciente Clariane. Igualmente, el modelo se implantó en Sanyres Villanueva del Pardillo con 30 camas de salud mental, gestionadas por la Clínica Lopez Ibor. También ha sido responsable de la creación de la primera unidad de adolescentes de salud mental acreditada por la Comunidad de Madrid en un hospital privado.
Tas la venta a Orpea, Juan José fue director de la sociedad conjunta que Orpea López-Ibor Salud Mental, que se creó para el desarrollo del “modelo López-Ibor” en España y Latinoamérica, participando en el proceso de compra de otros operadores, como Hestia Alliance , una operación que se valoró en 120 M€, y que finalmente fue desestimada.
Asesora a instituciones públicas en temas relacionados con Salud Mental a través de la Fundación Juan José López-Ibor, de la que es Patrono y Director. Como ejemplo, ha dirigido y coordinado para el Ministerio del Interior el desarrollo de un Hospital Psiquiátrico Penitenciario de más de 500 camas. Asimismo, asesora a varias Comunidades Autónomas en temas de salud mental, Comunidad de Madrid y Cataluña por poner un ejemplo.
Además de dirigir la Fundación Juan José López-Ibor, es presidente de la Asociación para los Intereses de Valderredible y miembro del comité de la Fundación Aula del Mediterráneo.