La Clínica Universidad de Navarra (CUN) tiene previsto poner en marcha en otoño de 2017 el nuevo centro hospitalario que está construyendo en Madrid , una vez concluida la fase de edificación de la infraestructura. Las nuevas instalaciones se asientan sobre una superficie total aproximada de 46.000 m2, 35.000 m2 de los cuales son de uso hospitalario , mientras que el resto son para otro tipo de instalaciones y aparcamiento. Inicialmente, el hospital estará dotado de siete quirófanos para cirugía mayor, 60 camas para ingreso hospitalario, siete camas de UCI y otras siete para neonatos . Además, el nuevo hospital madrileño de la CUN dispondrá de equipamiento clínico, como un PET-TAC para diagnóstico por imagen propio de medicina nuclear y aceleradores para tratamientos oncológicos, entre otros equipamientos.

Las obras de la nueva clínica se levantan ya sobre el que será el nuevo campus urbano de la Universidad de Navarra en Madrid, ubicado en la zona este de la capital. El centro hospitalario pondrá en marcha en Madrid el mismo modelo asistencial del hospital de Pamplona. Será un centro de alta resolución, especializado e investigador. Con el nuevo centro, el modo de funcionamiento será el de un único hospital con dos sedes. Está previsto que el nuevo proyecto genere alrededor de 400 puestos de trabajo directos, que se añadirán a los 90 ya existentes en la actual sede madrileña de la Clínica Universidad de Navarra, donde la entidad alberga un centro policlínico, con servicios de consultas externas, diagnóstico por imagen y cirugía mayor ambulatoria en dos quirófanos.